表于11月17日，列出了3位作者，分别是来自中国科学院的Libing Shen、复旦大学生命科学学院的Funan He和美国得克萨斯大学休斯敦生物科学与分子生物学院的Zhao Zhang，论文题为“新冠病毒在人类宿主中的早期秘密传播和进化”，共22页。

《南华早报》称，Shen的团队说，追踪冠状病毒株起源的传统方法——一种称为系统发育分析的方法——不起作用。他们使用了一种新方法，只计算每个病毒株中的突变数。具有更多突变的菌株已经存在了更长时间，而具有更少突变的菌株更接近于新冠病毒的原始祖先。研究小组发现，某些菌株的突变少于在武汉首次采集的菌株。它得出结论：武汉不可能是新冠病毒在人与人之间传播的第一个地方。该论文还指出，在四大洲的8个国家中发现了突变最少的菌株：澳大利亚、孟加拉国、希腊、美国、俄罗斯、意大利、印度和捷克。但是病毒不可能在这些地方同时传播给人类，第一次暴发的地区应该具有最多的遗传多样性，表明它已经存在了更长时间。研究人员发现，印度和孟加拉国的菌株拥有最多的病毒多样性。该论文认为：“突变最少的菌株的地理信息和菌株多样性均表明，印度次大陆可能是最早发生人与人之间新冠病毒传播的地方。”基于新冠病毒的突变率，该研究估计人类宿主中最早的新冠病毒传播可追溯到2019年7月或8月。Shen和同事说，极端天气可能引发了大流行。2019年5月，印度发生长期高温天气，干旱迫使动物和人类饮用相同的水，这可能增加了病毒传播给人类的机会。

该发现引发国际媒体议论。英国《卫报》29日将其归结于“中国试图改变新冠病毒叙事”。《南华早报》称，有科学家质疑该发现，印度政府病毒学家Mukesh Thakur称不同意该研究的结论，但没有进一步阐述。英国《每日邮报》引述格拉斯哥大学教授David Robertson的话称，该研究“有缺憾”，其做法“本质上有偏见”。加州大学洛杉矶分校（UCLA）人类遗传学和生物统计学教授Marc Suchard说，“任意收集的”病毒株“不太可能产生祖细胞”，他承认该研究方法“有很大希望”，但表示“存在很大的不确定性”。Shen对《南华早报》称，他欢迎各界对该论文进行探讨。

新冠疫情发生以来，病毒溯源问题一直受到高度关注，国际上不断出现关于疫情暴发时间、地点的报道。中国外交部发言人多次表示，病毒溯源是复杂的科学问题，应由科学家在全球范围开展国际科学研究与合作，这是一个持续发展的过程，可能涉及多国多地。中方希望各国都采取积极态度，同世卫组织等加强合作，推进全球溯源工作。